O Comitê de Governança, Riscos e Controle criado pela Portaria nº 1.645 de 12/05/2017 é a instância responsável pela Gestão de Riscos da Unifesp, estabelecida na Política de Gestão de Riscos, instituída por meio da Portaria nº 966 de 26 de março de 2018. Presidido pelo Reitor e tendo em sua composição: a vice-reitora, os pró-reitores, os diretores de campus e os diretores de unidades universitárias. O Comitê de Governança, Riscos e Controles tem por objetivo formular a política e estabelecer diretrizes, metodologias e mecanismos para a institucionalização e comunicação da governança, gestão de riscos e controles internos da Universidade. É responsável pelo estabelecimento de limites para a exposição a riscos e pela aprovação e supervisão dos critérios de priorização para seu gerenciamento e implementação de controles. Vinculado a ela, está o seu Grupo Assessor, dedicado ao gerenciamento dos riscos operacionais. Ainda conta com o auxílio dos membros da Auditoria Interna da Universidade.